Tematyka badawcza prac prowadzonych w Laboratorium Immunobiologii Mikrobiomu związana jest z określeniem mechanizmów oddziaływania mikroorganizmów tworzących mikroflorę z komórkami układu odpornościowego. Interesują nas zagadnienia związane z analizą receptorów, białek i szlaków sygnałowych zaangażowanych w rozpoznanie i regulację odpowiedzi układu odpornościowego przez mikroorganizmy tworzące mikroflorę. Zajmujemy się również analizą strukturalną antygenów bakteryjnych zaangażowanych w oddziaływania z gospodarzem, określeniem ich właściwościami immunomodulatorowych oraz wpływu na zdrowie gospodarza, szczególnie w kontekście chorób ludzkich takich jak alergie, IBD, choroby autoimmunologiczne czy neurodegeneracyjne.
Główne techniki badawcze stosowane w naszych badaniach to: techniki analizy instrumentalnej (spektroskopowe np. NMR; chromatograficzne; spektrometria mas), cytometria przepływowa, fluorescencyjne oznaczanie wewnątrzkomórkowego stężenia Ca2+, RT-PCR, EMSA, analiza reporterowa (DLR) itp.